Das Muotatal erstreckt sich von Osten nach Westen und heisst im hinteren Teil Bisistal. Vom Haupttal der Muota zweigen mehrere Nebentäler ab, die zugleich auch Passübergänge zu unseren Nachbarn bilden. Über die Goldplangg gelangt man nach Riemenstalden und Sisikon, über das Liplisbüel und den Chinzig nach Bürglen und über den Pragelpass nach Glarus. Letzterer ist einspurig und von Montag bis Freitag befahrbar. Im Süden grenzt die Gemeinde Muotathal an den Kanton Uri, im Osten an den Kanton Glarus. Im Norden an die Gemeinden Innertal, Oberiberg, Unteriberg und Illgau, im Westen an Riemenstalden, Morschach und Schwyz. Speziell an der Grenzziehung ist, dass viele grosse Alpgebiete diesseits der Wasserscheide unseren Nachbarn im Süden gehören.

Das Gemeindegebiet umfasst 172.15 km2 und ist damit nur wenig kleiner als der Kanton Zug. 1% davon ist Siedlungsfläche, 32.8% Landwirtschaftsfläche, 22% sind Wald und Gehölze und 44.2% unproduktive Flächen wie Berge, Charren und Gewässer. Mit rund 3600 Einwohnern ergibt sich pro Quadratkilometer eine Dichte von 21 Personen.